Nacido en Albacete en 1976, Benito Núñez Quintanilla es Ingeniero Naval y Oceánico por la Universidad Politécnica de Madrid y funcionario del Cuerpo de Ingenieros Navales desde el año 2004. Ha trabajado como inspector naval en la Capitanía Marítima de Burela entre los años 2004 y 2005. Desde 2005 a 2009 desempeñó los puestos de director del Servicio Provincial en Albacete, subdirector adjunto a la Secretaría General y Vocal Asesor en la Unidad de Apoyo de la Mutualidad General de funcionarios Civiles del Estado. En 2009 fue nombrado subdirector general económico-administrativo de la Gerencia de Infraestructuras y Equipamientos del Ministerio de Cultura y en 2010 asesor del Gabinete de la Vicepresidencia primera del Gobierno. Desde noviembre de 2010 trabajó como vocal asesor-jefe de la Unidad de Apoyo de la Dirección General de la Marina Mercante y desde 2014 ejerció de representante alterno de España en el Consejo de Administración de la Agencia Europea de Seguridad Marítima. Desde el año 2018 ha desempeñado el puesto de director general de la Marina Mercante.
La nueva Secretaría General de Transportes Aéreo y Marítimo contará con dos direcciones generales: la Dirección General de Aviación Civil y la Dirección General de Marina Mercante.
El nombramiento de Benito Núñez Quintanillaz como nuevo secretario general de Transportes Aéreo y Marítimo tuvo lugar en la reunión del Consejo de Ministros del pasado 5 de diciembre, a propuesta del ministro de Transportes y Movilidad Sostenible, Óscar Puente.